首先，超濾膜的孔徑規格是0.01nm，反滲透膜孔徑規格一般是超濾膜的1/100，反滲透膜的孔徑是0.0001nm。因此反滲透設備可以去除水中的一切雜質，包括重金屬、農藥、三氯甲烷等等，最終只留下水分子。而超濾設備只可以去除大顆粒污染物或者細菌。
其次，衛生部門的檢測標準和出水水質是不同的，超濾凈水器，按“一般水質處理器”，標準是菌落總數為100個/毫升，而反滲透凈水器為則為20個/毫升，是很嚴格的。所以反滲透的出水水質是比超濾出水水質要好的。
反滲透設備
優點：水質很安全，反滲透設備可以去除水質中的所有雜質，而且水質口感比較好。
缺點：價格比較貴，用泵、耗電。而且有廢水產生，故障、漏水發生的概率比較高。
超濾凈水設備
優點：一般比較便宜，不用泵、不耗電，接頭少、故障率低。
缺點：不能完全去除水中的雜質，不能去除水垢，只適合水質較好的水源使用。
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