原水在經過反滲透膜時，難溶性的鹽類會停留在膜表面，成固體積淀析出。在反滲透設備運行的過程中，其低壓沖洗過程中產生的壓力會產生淡水，而兩側的的水的濃度會自然加深，加深的同時就會導致鹽的濃度加深，鹽中含有大量的可積淀的物質，時間長就會浮現結垢氣象。因此，只有難溶性的鹽類不超過飽和的界限就可能有效防止結垢現象的發生。其中，在設計的方面，為了可能更好的把濃水置更換出來，可能盡量保障濃水含鹽量低。 
而在自然的水源中存有的主要難溶性鹽類主要有：碳酸鈣、硫酸鋇、硫酸鈣、氟化鈣、硫酸鍶跟二氧化硅等。在反滲透系統設計的時候，需要特別留心的是硫酸鋇跟硫酸鍶。硫酸鈣濃度的增加以及水溫的降落，也會導致硫酸鍶的溶解度下降。

 

此外，一些自然水體中含量不高的無機物會因為人為因素，例如加藥等，被帶入給水中，例如：磷酸根、鐵跟鋁等這些無機鹽往往溶度積很低，極易發生結垢，因此當系統投加藥劑（如絮凝劑、助凝劑、阻垢劑、酸跟堿等）時，考慮到這些人為引入的離子成分的影響。 
有時甚至會出現投加的不同藥劑發生彼此作用導致難溶物質析出，進而沾染膜元件的情況。如果碰到這種情況時，在投加多種藥劑時，應該留心這些藥劑的成分，有條件的可能通過試驗確認它們的兼容性。為了更好的保護反滲透設備，延長反滲透設備的利用壽命，可預先對原水進行預處理，經活性炭或者石英砂過濾可濾去大顆粒雜質，再經過離子交換樹脂軟化，去除水中的鈣鎂等離子，就可避免結垢現象。 
為了防止結垢，在濾速方面，過濾器的濾速不能太快也不能太慢，反洗過程中要存在一定的時間跟流速，反洗成果好，過濾器的運行才能良好；在水流運行時，要保障水流的均勻性，只有水流均勻，過濾成果才能良好；在濾料方面，需要考慮濾料的粒徑大小跟均勻程度。總之，公平的利用反滲透設備的膜處理，可能進一步的有效防止反滲透設備中結垢現象出現。
 

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