1、產生生物黏泥，從而造成管線、設備及冷卻塔的堵塞和結垢，降低換熱器的傳熱效率和冷卻塔的冷卻效率；
2、生物黏泥粘在金屬表面上，成膜緩蝕劑難以成膜。同時菌藻的新陳代謝會造成磷系緩蝕阻垢劑的分解，造成藥劑失效；
3、微生物自身生長繁殖會產生各種類型的酸，如硫細菌產生硫酸、硝化細菌產生亞硝酸和硝酸等。上述酸都會造成腐蝕，形成垢下腐蝕。
在循環水系統中須控制微生物的生長繁殖，行之有效的方法就是投加殺菌劑。據不完全統計，目前國內應用在工業循環水處理的殺菌劑有近百種，其可大致分為兩大類：氧化性殺菌劑和非氧化性殺菌劑。氧化性殺菌劑主要為鹵素類殺菌劑和某些過氧化物等；非氧化性殺菌劑品種繁多，功能各異。
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