參考病原體的選擇標準包括下列所有元素：
● 進行感染的介水傳播途徑；
● 有足夠的數據來保證ＱＭＲＡ的進行，包括人和疾病發生的劑量響應關系數據；
● 能在源水中出現；
● 能夠在環境中存活；
● 通過處理過程移除或失活的敏感性；
● 疾病的傳染性、發生率及嚴重程度。
有些標準，例如環境中的存活能力以及對處理過程敏感性涉及參考病原體的具體特性。 其他標準受當地環境和條件制約，包括介水傳播疾病的發病率，可能受到其他來源生物體發 病率的影響，它們具有不同的免疫力和營養水平（例如輪狀病毒感染在高收入和低收入區域 有不同的結果）；以及原水中生物體所影響（如產毒素的霍亂弧菌和痢疾阿米巴在一定的地 理區域很常見，而福氏耐格里阿米巴原蟲在溫水中較常見）。
１）參考病原體的選擇
參考病原體的選擇在不同國家和地區會有不同，要考慮到當地條件，包括水傳播疾病的 發生率和嚴重程度以及原水特性（見７．３．１節）。疾病流行的證據和重要性也應用于選擇參 考病原體。然而，潛在參考病原體的選擇范圍受到所能獲得的數據的限制，特別是用于 ＱＭＲＡ的人類劑量 響應關系模型。對參考病原體選擇的決策應該對所有可利用的數據知情，包括傳染疾病檢測和目標研 究、突發疫情調查以及已登記的經實驗室確認的臨床病例。這些數據可以幫助識別對于水 傳播疾病負擔可能貢獻最大的病原體。這樣的病原體才可能是參考病原體的合適選擇，并 應在建立基于健康的目標時予以考慮。
２）病毒
病毒是最小的病原體，因此采用物理方法如過濾的方法很難將其去除。一些特定的病 毒相對于細菌和寄生蟲來說對消毒的敏感性要差（例如腺病毒對紫外燈就不是很敏感）。病 毒能長時間在水中存活。感染劑量通常較低。病毒的宿主范圍通常有限，許多種類都是特 定的。大多數的腸道病毒不能被動物攜帶，但也有一些特例，包括戊型肝炎Ｅ病毒這些特殊 種類（表７．１）。輪狀病毒、腸道病毒、諾如病毒已經被確認作為潛在的參考病原體。輪狀病毒是引起兒 童胃腸感染的最重要原因，可導致嚴重后果、包括住院治療甚至死亡，尤其是在低收入地區 死亡情況更多見。對輪狀病毒有一個劑量 響應模型，但并沒有一個常規的基于培養的方法 用于量化感染數量。通常，輪狀病毒感染患者排泄物中含有大量輪狀病毒，而被人類排泄物 污染的水中可能含有高濃度的輪狀病毒。目前已有一些偶發介水傳播疾病的記載。在低收 入國家，可能主要發生在水源。
腸道病毒，包括脊髓灰質炎病毒和最近剛被識別的富埃可病毒，能夠引起輕度發熱疾 病，但也是一些引起兒童中嚴重疾病的重要致病因子，如麻痹、腦膜炎、腦炎。有一個對于腸 道病毒的劑量 反應模型，而且有一個常規的基于細菌培養分析技術用來檢測感染性顆粒。 腸道病毒被感染病人大量排出體外，而被人類排泄物污染的水中可能含有高濃度的腸道 病毒。
諾如病毒可引起各年齡段人群中急性胃腸疾病。疾病癥狀通常輕微且很少有持續３天 以上；不過感染并不產生持續性保護抗體。所以，每個案例的疾病負擔要低于輪狀病毒。有 很多暴發疾病都歸因于飲用水。已經建立一個劑量 反應模型用于評估幾株諾如病毒的感 染性，但是目前還沒有基于細菌培養技術的檢測方法。
３）細菌
細菌是通過消毒滅活方式最敏感的一組病原體。一些自由生存的病原體，例如軍團屬 和非結核型分枝桿菌，能夠在水環境中生長，但是腸道細菌通常不能在水中生長，而且比病毒和原蟲存活的時間更短。許多可以感染人類的細菌種屬是由動物攜帶的。許多潛在的介水傳播細菌病原體有已知的劑量 反應模型，包括弧菌、彎曲桿菌、大腸桿 菌Ｏ１５７、沙門氏菌和志賀氏菌。
產毒霍亂弧菌可導致水樣腹瀉。如果不被及時處理，比如當人們因沖突或自然災害而 流離失所時，病死率會很高。感染劑量相對較高。大規模水源性疾病疫情曾經且一直有 發生。
彎曲桿菌是在全世界范圍內引起腹瀉的重要原因。疾病導致各種不同的癥狀，但是死 亡率低。和其他細菌性病原體相比，感染劑量相對較低，在１０００個生物體以下。在環境中 較普遍，存在水源性疾病疫情暴發記錄。
由大腸桿菌Ｏ１５７和其他腸出血性大腸桿菌菌株引起的水源性感染疾病遠不及彎曲桿 菌普遍，但是其感染癥狀更嚴重，包括溶血性尿毒癥甚至死亡。感染劑量可以非常低（少于 １００個生物體）。
志賀氏菌每年可引起超過２００萬次疾病感染，包括約６００００例死亡，主要是在發展中國 家。感染劑量低，可以低至１０～１００個生物體，存在水源性疾病疫情暴發記錄。
盡管非傷寒型沙門氏菌很少引起水源性疾病暴發，但是傷寒沙門氏菌屬可引起大規模 災難性的介水傳播傷寒暴發。
４）原蟲
原蟲是對化學滅菌最不敏感的一類病原體。紫外照射有效對抗隱孢子蟲，但是對 氧化型消毒劑、如氯，有較高的耐受性。中等大小（＞２μｍ）的原蟲可通過物理過程去 除。他們能夠在水中長時間存活，具有中等的種屬特異性。牲畜和人是原蟲如隱孢子 蟲和腸袋蟲的來源，然而人類是病原性環孢子蟲和內變形蟲的唯一儲藏所。感染劑量 通常較低。已經建立賈第蟲和隱孢子蟲的劑量 反應模型。賈第蟲感染比隱孢子蟲感染更為常見， 癥狀持續時間也更長。然而，隱孢子蟲比賈第蟲小，因此更難用物理方法去除；對氧化消毒 劑也更有耐性，一些證據表明他們在水環境的存活時間更長。
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